阴茎时不时隐隐作痛的原因有：1.尿道结石。存在于膀胱或者肾脏等部位的小结石，随着人体活动进入到尿道部位后，会对尿道黏膜产生一定的刺激，从而导致阴茎部位出现疼痛感，这种情况在日常排尿的时候尤其明显。2.阴茎纤维性海绵体炎。这是一种发生在阴茎白膜以及和周围勃起组织之间的疾病，也被称之为阴茎硬结症。当病情处于急性发作期的时候，阴茎一旦受到刺激发生勃起反应，就会出现不同程度的疼痛症状。病因不同、治疗方法也会不同，需要去医院查明具体病因，及时进行治疗。