氟康唑在临床上并不是灰指甲首先应用的抗真菌药物，氟康唑在临床上比较广泛的应用于各种各样的念珠菌感染、隐球菌感染以及球孢子菌感染，比如隐球菌性脑病、各种各样的念珠菌感染，像口腔念珠菌、阴道念珠菌，还有肺真菌感染。灰指甲应用常规的抗真菌治疗效果不好的时候，可以选择氟康唑来进行应用。但是灰指甲首先应用的抗真菌药物，依旧是常规的伊曲康唑、特比萘芬、环吡酮、阿莫罗芬等，而且灰指甲在治疗上首先强调需要尽量把病甲去除，才能保证药物可以有效的在病灶发挥作用。