男性患者如果出现小便时尿道内刺痛，可能的原因有：1、急性尿道炎，当发生尿道感染时，尿道黏膜充血、水肿，并且伴有尿道黏膜表面的微损伤，这时尿液流经尿道即可产生明显的刺痛感，同时伴有尿频、尿急症状，需要进行抗感染治疗。2、急性细菌性的前列腺炎或者化脓性的前列腺炎，也可以出现排尿时尿道内刺痛，伴有尿道内灼热感、排尿后尿液混浊、会阴区胀痛感等。需要进行前列腺液的检查，如前列腺液内可见大量的脓细胞，则可以证实存在细菌性前列腺炎。3、尿道内存在结石也可以引起尿道内刺痛。因男性尿道较长，泌尿系统有时结石无法通过尿道排出体外，而停留在尿道之内，可以造成尿道内持续性刺痛，伴有排尿时费力等症状。如有结石病史，经治疗后突然出现尿道内刺痛，则要考虑有结石崁顿于尿道内的可能，需要行尿道镜检查来进行治疗。