宫颈纳氏囊肿绝大多数情况下是宫颈的生理性变化，主要是由于子宫颈转化区内鳞状上皮细胞取代的柱状上皮细胞的过程中，新生的鳞状上皮覆盖了子宫颈腺管口或者伸入腺管内将腺管口阻塞，导致腺体分泌物引流受阻，也就潴留形成了囊肿，或者是由于子宫颈局部损伤，子宫颈慢性炎症，导致腺管口狭窄，同样出现了分泌物引流受阻，潴留形成纳氏囊肿，通常情况下子宫颈纳氏囊肿是不需要特殊处理的，需要注意的是深部的子宫颈纳氏囊肿在子宫颈表面可能看不到任何的异常，仅表现为子宫颈肥大，这种情况如果想要和子宫颈腺癌进行区别，那么就要定期的进行宫颈筛查。