引起脓毒症的主要的细菌，包括金黄色葡萄球菌、大肠杆菌、绿脓杆菌、变形杆菌，以及无芽孢厌氧菌，真菌，还有其他的隐球菌等。这些细菌会影响患者的免疫系统，使免疫系统出现不同程度的受损，使全身的免疫反应增强，这个时候会使全身的免疫代谢出现异常，免疫反应失常，而导致深度的免疫抑制。从而使炎症进一步的加重，患者的抵抗力下降，诱发多器官功能衰竭，而导致死亡。