巨细胞病毒感染的临床症状变化很大，可随年龄、病人机体状况、感染途径不同而异。健康的成年人发生巨细胞病毒感染时，多无明显的临床症状，部分患者可有低热、乏力、咽痛、淋巴结肿大、关节肌肉酸痛、多发性神经炎等表现、周围血中有不典型淋巴细胞、脾大等。在婴儿中的表现轻重不一，轻者出生时可无症状，数月时发现，严重者可累及多脏器，可有肝脾大、黄疸、瘀斑或紫癜，脉络膜、视网膜炎，小头畸形等，甚至死亡。所有患儿均会出现不同程度的听力、视力减退，意识、运动障碍，智力迟钝等。孕妇感染了巨细胞病毒后，可通过胎盘感染胎儿，造成胎儿先天性感染、流产和死胎。新生儿经产道或哺乳感染的，一般症状轻，预后良好，个别有肝功能异常，偶可持续高热或伴明显的肝炎症状以及全身淋巴结肿大。在免疫抑制的患者中，原发性感染出现临床症状多且严重，往往出现致死性的间质性肺炎，病死率高达85%以上。