菌群失调的药物较多，常见的有双歧杆菌、三联活菌或四联活菌，整肠生也就是地衣芽孢杆菌制剂，复合乳酸菌、分叉乳杆菌制剂、谷氨酰胺肠溶胶囊，还有真菌制剂，比如布拉氏酵母菌制剂等菌可以调节肠道菌群。除了药物的补充，还要积极找出菌群失调的病因，如维生素缺乏造成肠球菌缺乏或消失，滥用广谱抗生素导致的菌群失调等。对于有明确病因，首先针对病因治疗合理用药，同时兼备调理肠道菌群，并且也可以用些中药来调理肠道的菌群。