肛瘘基本上不可能自愈，不只是自己不能自愈，在非手术情况下也不可能自愈，肛瘘的临床治愈，只能够通过外科手术治疗。其实对于一些复杂性或者复发的肛瘘，比如说明确合并有肠结核、放射菌病以及性病和溃疡性结肠炎，或者克罗恩病的患者时，并且积极的治疗合并的疾病，否则单纯的手术也不容易临床治愈。手术的方法其实有很多，临床上经常应用的就是肛瘘切除术、肛瘘切开术，以及肛瘘挂线术，多数情况下，手术效果非常不错，术后的复发率也并不是很高。