龟头上有水疱要考虑两种疾病：一种是包皮龟头炎，炎性的感染导致；另一种要考虑疱疹病毒感染导致。建议取龟头上的分泌物检查，可以检查是否有细菌感染，或者是否有霉菌感染，也可以检查出是否有疱疹病毒感染。如果就是一般的感染，建议每天清洗干净，保持干燥，吃消炎药，2-3天就可以愈合。如果是疱疹病毒感染，建议应该抗病毒治疗，可以吃阿昔洛韦等。病毒感染治疗期比较长，应该治疗2周以上才可以有效的控制病情。另外，病毒感染是性接触导致的，应该夫妻同时进行治疗。