肛门直肠周围脓肿的形成，约95%以上起源于肛窦感染，即肛窦炎。当肛窦炎症继续发展，细菌经肛腺导管进入肛腺体，引起肛腺导管及肛腺体感染发炎，肛腺管因炎症水肿，发生阻塞，肛腺体内黏液排出障碍、淤积，加之细菌在其中大量生长繁殖，使感染加剧，此时炎症直接向外扩散或经淋巴管向周围扩散，引起肛门直肠周围结缔组织炎症，进而形成肛门直肠周围脓肿。肛门直肠周围有七个易发生脓肿的结缔组织间隙，各个结缔组织间隙之间也有通道。当一个间隙形成的脓肿处理不及时，可因脓液增多、压力增大，扩散到其它间隙，因此脓肿诊断已经确立，应按急症行手术治疗。