在临床上，如果患者有肛门口外反复的肿胀、疼痛、破溃、流脓，在肛门口外发现有肛周的硬结，一般来说就要考虑肛瘘的形成。一般需要根据患者的病史、症状、体征以及影像学的检查结果，来进行综合的判断，对于肛瘘的诊断其实并不复杂，不管是根据症状还是通过影像学检查，基本上都可以进行确诊，特别是磁共振检查能够清晰的显示瘘管的位置与括约肌之间的关系，部分患者还可以通过磁共振检查找到内口的位置，所以说磁共振检查对于肛瘘的诊断特别重要。