肛瘘由内口、外口和瘘管构成，典型的肛瘘从外观上就能判断，在肛门周围有一个或多个破溃口，即外口，表现为突起或凹陷，有脓液流出。表浅的肛瘘沿外口能触及索条状物，为瘘管，肛内触诊肛窦处可触及硬结、凹陷或突起，为内口。一些不典型肛瘘或复杂性肛瘘还要结合探针检查、肛门镜检查、亚甲蓝或过氧化氢染色、腔内超声、核磁共振等检查进行确定。