磷霉素氨丁三醇散主要的副反应就是少数患者会有胃肠道的反应，引起恶心、呕吐、腹痛、腹泻等症状。另外，少数还会有过敏的症状，比如皮疹、荨麻疹、血管神经性的水肿等。磷霉素氨丁三醇散临床上主要是用来治疗革兰阳性菌、革兰阴性菌所导致的一些感染。常见的有单纯性下尿路的感染，比如急性膀胱炎、慢性膀胱炎急性发作、非特异性尿道炎以及手术后的尿路感染，它还可以预防泌尿外科手术中尿路的感染。