恩替卡韦是抗乙肝病毒的药物，不过本药不能清除乙肝病毒，仅能抑制病毒复制，所以需要长期服用。恩尼卡韦安全性高，不良反应发生率较低，而且多数表现轻微，比较适宜长期饮用。在国外进行的研究中，本品最常见的不良反应有头痛、疲劳、眩晕、恶心，在中国进行的临床试验中，本品最常见的不良反应有谷丙转氨酶升高、疲劳、眩晕、恶心、腹痛、腹部不适、肝区不适、肌痛、失眠和风疹，这些不良反应多为轻到中度。不过有报道称，极少数患者治疗后可能发生乳酸性酸中毒和重度肝肿大等脂肪变性的情况。另外，要注意有报告患者在停用恩替卡韦后发生病情严重的急性恶化，因此对停止乙肝抗病毒治疗的患者应密切监测肝功能至少持续几个月，如有必要需重新开始抗病毒治疗。对于乙肝病毒合并感染艾滋病病毒，并且没有同时进行高效抗逆转录病毒治疗的患者，不建议使用恩替卡韦，这是由于此部分患者使用恩替卡韦治疗有可能会出现艾滋病病毒核苷类逆转录酶抑制剂的耐药。