龟头上长小水疱，最常见是感染2型单纯疱疹病毒，也就是所常说的生殖器疱疹。感染生殖器疱疹以后会出现滤泡状的肿物，并逐渐发展成小水疱，水疱可破裂形成糜烂或者溃疡，同时会伴有疼痛，小水疱中分泌物行核酸检查可以明确诊断。对于生殖器疱疹，可以进行抗病毒治疗，如果水疱已破溃并感染，可以外用抗生素软膏。龟头上长小水疱还可以见于包皮龟头炎，严重的包皮龟头炎会导致包皮和龟头组织水肿，形成小水疱。对于包皮龟头炎可以用碘伏溶液清洗消毒，并口服抗生素或外用抗生素软膏抗感染治疗。