其实，乙肝病毒本身并不致病，其对肝细胞损伤主要是由机体的免疫系统清除反应引起的。乙肝病毒感染机体后，进入到肝细胞内，致使肝细胞的某些结构发生变化，激发机体对自身的肝细胞产生免疫反应，便会引起肝细胞损伤。在严重的肝损害病例中，机体免疫系统甚至将没有被HBV侵犯的肝细胞也一同杀死，过激的免疫反应和炎性反应导致肝细胞坏死，出现血清转氨酶升高，黄疸，凝血障碍，肝功能衰竭等。可见，免疫反应在乙型肝炎发病机制中有重要意义。免疫功能正常者，机体对感染HBV的肝细胞发生一系列的特异性免疫反应，随着病毒被逐步消除，逐渐痊愈。80%以上的成人，感染乙型肝病毒后能够自行清除，人体内不再有乙肝病毒残留。