主要是根据病情来选择肝内胆囊结石的治疗，主要是根据病情来选择。通常如果是胆管炎急性发作的时候，应该及时控制胆道的感染，比如选择敏感的抗生素，如青霉素类，头孢菌素类，喹诺酮类等药物来对抗细菌感染，防止出现急性梗阻化脓性胆管炎。而且要密切监测生命体征的变化，使其维持平稳状态。对于位于左右肝管内位置不深，没有胆管狭窄的部分的肝内胆管结石患者，可以进行通过经内镜逆行胰胆管造影，取出结石。对于没有狭窄的双侧肝内胆管结石患者，并发有胆汁性肝硬化，或者是多次手术之后容易复发的患者，可以进行经皮经胆管镜取出结石的治疗。另外，对于患者的不同病情，还包括一些其他的微创手术来进行治疗，比如肝切除手术，胆管切开取石术等。