脚气灰指甲如果进行根治，还是需要以口服药物为主。因为这种疾病主要是由于感染真菌而形成，特别是由于感染真菌以后，形成了脚癣，脚癣再进一步发展，可能就形成了灰指甲。所以在治疗上一般如果进行口服抗真菌药物，那么治疗可能是更加彻底的，一般在口服药物上可以选择伊曲康唑，或者是特比萘芬等，但是在口服这些药物之前，需要检查一下肝肾功能等，如果肝肾功能异常，那么就不能口服这些药物，就可以采取其它的外用药物进行治疗，比如可以外涂特比萘芬乳膏，或者是适当的外涂阿莫罗芬乳膏，对于灰指甲方面，可以外涂阿莫罗芬擦剂等等。如果这些药物治疗仍然不起作用，那么灰指甲也可以采用拔甲治疗。