就轮状病毒和诺如病毒一般来说，目前没有特效的抗病毒药物，利巴韦林可能有一定的效果。对于呼吸道的一些病毒，往往选用利巴韦林或者是奥司他韦这类药物进行抗病毒治疗。而对于巨细胞病毒肠炎，可以选用更昔洛韦进行积极的抗病毒治疗，EBV病毒目前也没有特效的一些抗病毒药物。大多数病毒性肠炎都呈自限性的一个过程，往往临床采取一些止泻、支持治疗，加强患者的免疫力，可以加用一些肠道的益生菌进行辅助治疗。临床上，病毒性的肠道感染，俗称病毒性的胃肠炎，大多数是由于轮状病毒或者是诺如病毒以及一些呼吸道感染的一些病毒，如流感病毒或者是柯萨奇病毒等累及到肠道引起肠黏膜的炎症性的改变。除此以外，也见于一些特殊的病毒，如巨细胞病毒或者是EBV病毒感染肠道，这些病毒的大多数存在着机会性的感染。