指甲有凹痕的原因有以下几种：第一，因为灰指甲导致。灰指甲主要是指甲受到了真菌感染导致的症状，会表现出指甲变黑、凹凸不平、容易断裂、指甲增厚等症状。第二，指甲营养不良。因为长期营养供应不足，体内缺乏维生素或者是微量元素，会导致指甲变薄、容易折断、指甲变得凹陷。第三，银屑病。早期银屑病的患者会出现指甲凹陷，同时凹陷排列整齐。第四，糖尿病。如果糖尿病的患者长期血糖控制不好，有可能会形成指甲凹凸不平。