人乳头瘤病毒基因分型检查主要查的是HPV的型别。HPV是最小的DNA病毒，不同型别的HPV在不同部位可以产生不同类型的损害，比如扁平疣、寻常疣、跖疣、鲍温样丘疹病和尖锐湿疣等。已发现与尖锐湿疣有关的型别多达34个，其中有15个型别主要与尖锐湿疣有关，最常见的HPV是6、11、16和18型，目前HPV亚临床感染是比较常见的。