小便时尿道刺痛需要根据具体病因服用药物来进行治疗。如果是细菌性尿道炎导致的小便刺痛，就需要选用敏感度高的抗生素药物来进行治疗，比如左氧氟沙星。如果是尿道结石导致的小便刺痛，就需要在医生指导下服用排石药物，比如排石颗粒。同时还需要多喝水多排尿，从而有利于尿道小结石冲出。如果尿道结石离尿道口比较近，可以使用血管钳夹碎并夹出。如果是淋病导致的小便时尿道刺痛，就需要在医生指导下使用阿奇霉素联合头孢菌素类药物。根据病因进行针对性治疗，就可以缓解小便刺痛的症状。