痛经是子宫内膜异位症最典型的症状，呈继发性进行性加重，常于月经来潮前一到两天开始，经期第一天最重，严重的可波及整个月经周期。疼痛由于子宫内膜异位症病灶内部出血，刺激局部组织炎性反应引起，同时子宫内膜异位症病灶分泌前列腺素增加，导致子宫肌肉的痉挛，痛经势必更为显著，15%到20%的子宫内膜异位症患者可以表现为月经过多、经期延长或者月经周期紊乱。子宫内膜异位症患者中不孕症的发生率约占到40%到50%左右，主要是因为子宫内膜异位症常可引起输卵管周围组织的粘连，影响卵母细胞的捡拾或因卵巢的病变影响排卵。子宫直肠陷凹、阴道直肠隔的子宫内膜异位症，可以引起性交疼痛，经期排便次数增加，里急后重，子宫内膜异位至膀胱者，可以出现周期性的尿频、尿痛、血尿，腹壁瘢痕及脐部的子宫内膜异位症，则出现周期性的局部肿块和疼痛。肠道的子宫内膜异位症患者可以出现周期性的腹痛、腹泻、便秘甚至周期性的便血。