肛瘘如果不积极的治疗，可能会出现两种情况，第一个，使疾病复杂化。第二个有癌变的可能。临床上所见的肛瘘多数情况下都是肛周脓肿手术后引起的，而且基本上都是单纯性低位性肛瘘，如果长时间不治疗随着肛瘘的反复发作病情加重，单纯性低位性肛瘘可能会变成高位性复杂性肛瘘，瘘管逐渐往深处或者往其他部位发展，这样就给后期的手术带来了太大的难度，而且非常容易复发。另外，长时间的肛瘘不治疗，长时间反复的炎症刺激，理论上有癌变可能，虽然它的几率不大。