1、成分相同。红玛瑙与红玉髓的主要构成成分都是二氧化硅，且都属于隐晶质结构，这使得两者在矿物学上被统一称呼为玉髓。

2、透明度不同。一般红玛瑙为透明到不透明之间，但是红玉髓是不透明的。

3、硬度不同。红玛瑙的硬度指数要相对高于红玉髓，红玉髓硬度一般在6.5到7之间，而红玛瑙则会在7到8之间。

4、纹理区别。红玛瑙还有很重要的一个特性，这也是玛瑙种类的基本特性，玛瑙的外表面是有纹理的。而红玉髓则没有纹理，所以相比较之下，红玉髓油脂感会更加重一些。有没有纹理的情况不仅是用来区分红玛瑙与红玉髓的好方法，也是红玛瑙用来与其他很多类别矿物区分的绝佳办法。