治疗支原体、衣原体常用药物分为大环内酯类抗生素，以及喹诺酮类抗生素。大环内酯类抗生素包括阿奇霉素、红霉素、罗红霉素等等。喹诺酮类药物包括左氧氟沙星、莫西沙星、帕珠沙星、加替沙星等等。轻者可口服给药，重症者需要静脉给药，而且在使用上述药物时要注意药物副反应以及相关禁忌证。阿奇霉素、红霉素，主要副反应为胃肠道反应以及血管刺激症状，喹诺酮类抗生素，除血管刺激症状外，患者有时还会出现头晕、心悸、恶心、呕吐等副反应，且喹诺酮类药物有禁忌证，年龄