子宫内膜异位症的主要表现就是下腹痛和痛经，典型症状为继发性痛经、进行性加重。疼痛多位于下腹、腰骶和盆腔中部，有时可放射至会阴、肛门及大腿，常在月经来潮时出现，并持续至整个经期。疼痛严重的程度与病灶的大小不一定成正比，粘连严重的卵巢异位囊肿可能并不疼痛，而盆腔内小的散在病灶却可引起难以忍受的疼痛。少数可表现为持续性下腹痛，经期加剧。子宫内膜异位症其他的表现还有不孕、性交不适和月经异常。卵巢子宫内膜异位囊肿破裂时可发生急腹痛，多发生在经期前后、性交后或其他腹压增加的情况。