慢性肠炎，根据肠炎的类型不同，吃药也不同。病毒性肠炎一般不需要病原治疗可治愈。细菌性肠炎最好根据细菌药物敏感试验，选择抗菌药。如细菌性痢疾时，因痢疾杆菌对常用抗菌药广泛耐药，一般可选用复方新诺明、比哌酸、庆大霉素。空肠弯曲菌肠炎，可用红霉素、庆大霉素、氯霉素等治疗。耶尔森氏小肠结肠炎，一般选用庆大霉素、复方新诺明、四环素、氯霉素等。沙门菌肠炎，轻型病人可不用抗菌药，重型病人可用氯霉素。侵袭性大肠杆菌性肠炎，用新霉素、粘菌素、庆大霉素等治疗，可获得良好效果。阿米巴痢疾、滴虫引起的肠炎，可以用甲硝唑。吸血虫病可用吡喹酮治疗。