儿童白细胞减少的原因，见于先天性白细胞减少症和获得性白细胞减少症。先天性白细胞减少症的病因可以涉及白细胞，各个不同发育或成熟阶段，发生罕见和基因突变有关，可导致反复感染和慢性病程。获得性白细胞减少症最常见的和感染有关，像病毒感染，病毒感染的时候除了白细胞低，还伴有淋巴细胞的升高；还有某些重症的细菌感染，也会出现白细胞降低。还有一些药物像细胞毒性药物、抗病毒药物、抗生素等，也会引起白细胞低。骨髓的一些疾病，像白血病、再生障碍性贫血等也会引起白细胞低。还有自身免疫性疾病中的系统性红斑狼疮，也会引起白细胞低。