肠外阿米巴病的症状主要是导致相应脏器的脓肿或者是溃疡，其中以肝脓肿最常见。阿米巴滋养体可自肠道经血液、淋巴蔓延至远处器官而引起各种肠外并发症，如肝，肺，胸膜，心包，脑，腹膜，泌尿生殖道及邻近皮肤等。肝脓肿并发胸膜及肺阿米巴病者占10%～20%，常表现为支气管肝瘘，胸膜渗液，脓胸，肺脓肿，肺实变等，有的仅有胸痛，咳嗽，血痰。心包阿米巴病可以出现心前区痛，气短，心悸，心包摩擦音，同时伴有肝脓肿的各种表现。有时肝脓肿穿破可引起急性心脏压塞，导致休克、猝死。弥漫性或局限性腹膜炎是肠道阿米巴病与肠道外阿米巴病最重要的并发症之一。泌尿道阿米巴病可有尿痛，尿急，尿混浊呈血性的症状，尿检查见蛋白质，红细胞，白细胞及阿米巴滋养体。