金匮肾气丸的副作用很小，几乎没有什么副作用，具体如下：1、金匮肾气丸具有温阳补肾的功效，主要用于壮阳，在用药时一定要在医生指导下用药，且不建议长期服用，因为其是属温补性的，长时间的服用，会对消化系统造成一定的影响。2、对于易上火体质的患者，或者是在天气炎热的环境当中，长期用金匮肾气丸会造成有炎症的情况发生，如咽喉肿痛、燥热口干等。3、金匮肾气丸临床主要作用于温补肾阳、化气行水，对于肾阴虚、孕妇慎用。