怀孕40天肚子疼、出血有可能是先兆流产。先兆流产的主要原因是胚胎的质量不好，或者是怀孕期间孕妇的体内孕酮水平比较低，导致孕囊着床不稳出血。女性在怀孕期间如果出现了出血，要及时的到医院就诊，需要做一个彩超，看看宫腔内有没有孕囊以确定是不是宫内怀孕，同时也要抽血检查血中的hcg水平和孕酮的水平。如果孕激素的值比较低，可以通过口服地屈孕酮片或者是黄体酮胶囊的方式来帮助治疗。