肝内胆管结石的发病原因如下：1、疾病原因，这些疾病被称为肝内胆管结石的背景疾病。2、胆汁淤积，胆汁动力学发生改变。如果发生胆道梗阻或者是囊性扩张，易引发淤血或细菌感染，最后形成结石。3、胆红素钙沉淀增多，如果胆道发生感染，会引起氧自由基增加明显，诱发胆管炎症而导致结石。4、饮食的原因，长期使用低蛋白高碳水化合物的食物是造成肝内胆管结石的一个重要原因。5、再有就是胆道发生感染。