肛门囊肿，需要根据囊肿的情况进行针对性的治疗，必要时需要手术治疗。如果肛门囊肿比较小，并且也没有出现感染，这时是不需要服用药物的，平时积极的调整饮食结构即可。例如尽量不要饮酒，不要吃辛辣食物，可适当摄入新鲜的水果和绿色蔬菜，适当摄入低脂肪的优质蛋白等。如果囊肿已经发生感染，但是感染不严重，这时需要服用抗生素进行治疗，例如头孢类抗生素或者是青霉素类抗生素等，常用的药物有头孢氨苄、头孢呋辛、青霉素V钾片等，有时也需要使用抗厌氧菌药物，例如甲硝唑、奥硝唑、替硝唑等。如果囊肿比较大，甚至已经出现严重的感染，则需要尽早去医院外科完善相关检查，进行手术切除，后期再给予规律换药。