主要的不同有以下几个方面：首先，成分不同，短效避孕药是由低剂量的雌孕激素组成的，而紧急避孕药一般是由高效大剂量的孕激素组成的。其次，使用方法不同，短效避孕药需要长期连续的服用才能有效，例如短效避孕药一般要求连续口服21天；而紧急避孕药是在无防护性性生活或避孕失败后的72小时以内服用，越早服用效果越好，而且不能连续多次的服用，一个月只能服用一次。最后，安全性不同，短效避孕药由于剂量小、作用时间短，所以安全性相对较高，副作用相对较小；而紧急避孕药对机体内分泌状态的干扰比较大、激素含量比较大、副作用比较大，可能会导致月经紊乱。