多囊肾有结石是可以治疗的。结石存在于肾脏内，会对肾脏进行损伤，同时它也可能导致反复的尿路感染，因此，多囊肾患者存在肾结石需要给予治疗。而治疗的方法，需要结合肾结石的大小来进行选择。如果结石比较小，那么这时候可以采用药物排石，还要配合多饮水，勤排尿。如果结石稍大一点，那么应用药物排石效果是比较差的，这时候可以采用体外冲击波碎石治疗。如果结石进一步增大，应用上述两种方法治疗效果都比较差了，那么这时候就需要给予手术来治疗了。但是多囊肾患者肾脏里存在的结石治疗还需要根据多囊肾的时期，如果处于早期，治疗意义比较大，如果处于晚期，治疗意义相对来说比较小。