月经总是不干净的原因有以下几个方面：第一、可能是人体的凝血功能出现障碍，因为正常月经是受体内凝血系统的影响，也就是当月经结束后体内的凝血系统就会激活，起到凝血作用的是血小板以及凝血因子等。如果凝血系统功能下降，也就是血小板的量下降或者缺乏、功能降低就会导致血管无法及时地收缩，也就无法及时止血就会使月经总是不干净、持续的时间较长。第二、可能是因为有妇科炎症，如果子宫内膜有炎症会破坏子宫内膜的小血管，使血管通透性增加，炎症的分泌物也会刺激毛细血管壁，甚至破坏小血管壁，都会使血液外渗而使月经持续时间延长，具体表现是月经总是不干净。