卵巢囊肿手术一般仅摘除卵巢囊肿，而不会切除卵巢，所以一般不会影响怀孕。但如若卵巢囊肿较大，在术前压迫了输卵管，影响了正常的排卵或者术中对卵巢造成了一定程度的损伤，那么其自身的功能性也会受到一定的影响，会导致内分泌系统紊乱，月经迟迟不来，在这种情况下会影响怀孕。因此建议在术后科学的自我护理，充分休息、保持心情畅快、定期进行影像学及妇科检查，评估卵巢恢复状态，如若月经不正常，应积极配合治疗，查明病因。