小脚趾头疼有以下几种原因：一、趾囊炎，由于穿的鞋子前足比较窄，小脚趾会和鞋子的侧壁产生摩擦，时间一久会引起小趾的趾囊炎症，小趾趾囊肿大、红肿，就会疼痛。二、小趾的甲沟炎，可能是由于经常不恰当的进行趾甲修剪，或者是拔除倒刺引起甲沟感染，甲沟出现炎症，表现为甲沟处红肿、疼痛，行走时疼痛非常剧烈，可伴有刺痛。