怀孕三个月小腹胀痛，如果持续时间短没有其它不适症状，有可能是子宫随着胎儿的生长发育逐渐增大，牵拉韧带组织，压迫到周边相邻脏器所引起的生理性变化。通过适当的休息，改变不良的体位姿势多能自然缓解，若是腹部胀痛伴有阴道出血的症状，需要警惕先兆流产、胚胎停育的可能，也不排除子宫肌瘤、卵巢囊肿之类的病变，在妊娠期间大量激素水平的作用下，发生不良改变的情况。应及时到医院就诊进行血清人绒毛膜促性腺激素、孕酮等激素水平检测，做子宫附件B超查看胎儿的位置、胎心、胎动是否良好，子宫及卵巢有无异常病变的情况。