急性胃肠炎最常见的原因是细菌或病毒感染，引起急性胃肠炎常见的病毒是轮状病毒、诺如病毒等，常见的细菌是大肠埃希菌、沙门氏菌、痢疾杆菌等。除此之外寄生虫感染也可以导致急性胃肠炎，如阿米巴寄生虫、隐孢子虫等。非感染因素也可以导致急性胃肠炎，如进食生冷，过热，还有大量的刺激性的食物，或者食物中毒，如吃有毒蘑菇、化学毒素等都可以出现急性胃肠炎。