肛瘘患者主要是局部肛门隐窝反复炎症刺激和临床症状，发作患者会有局部分泌物增多，并伴有不同程度的肛门局部疼痛。肛瘘患者建议尽早手术治疗，单纯外用药物或口服药物，不能完全治愈肛瘘。肛瘘的手术方法主要采用肛瘘切开挂线术或低位肛瘘切除术，局部瘘管壁与感染肛门内孔联合切除。如有必要还可进行局部螺纹治疗，以保护肛门局部括约肌功能。如果肛瘘患者急性发作，有可能再次引起肛周脓肿，因此建议患者在诊断后尽早手术。