小金胶囊的主要副作用是，可以引起过敏性皮炎。由于小金胶囊中含有制草乌，其用量应该严格控制，病情好转后即停药，不可以久服。运动员应该慎用。儿童年老体弱者，均应该在医师指导下服用。此外，小金胶囊中还含有麝香，小剂量的麝香可以兴奋中枢神经系统，大剂量麝香则可以抑制中枢神经系统。同时，还可以对抗异丙肾上腺素，使心率减慢，增加心肌血流量。麝香还可以增加IGM抗体，增加单核吞噬细胞系统激活作用。