甲硝唑主要是用于治疗或预防厌氧菌引起的系统以及局部感染，例如腹腔、消化道、女性生殖器、下呼吸道、皮肤，软组织、骨关节等部位，此外对败血症、心内膜炎、脑膜的感染以及使用抗生素引起的结肠炎也是有效的。另外在治疗破伤风时常于破伤风抗毒素联用。但是它也有一些不良反应，消化道的不良反应最常见，包括恶心、呕吐、食欲不振等，还有神经系统的症状，如头痛、眩晕、偶有感觉异常；另外少数的病例还可出现荨麻疹、潮红等等，它的禁忌症是中枢神经系统病患或者是血液病者。另外妊娠期妇女以及哺乳期妇女也是禁用的。