男性支原体感染的危害主要有：一、造成男性沉重的心理负担，支原体感染发生和复发，会造成患者思想负担过重，出现心理障碍，他们会担心害怕致癌，害怕传染给性伴侣，回避与性伴侣的性生活，不愿与异性交往，导致性功能障碍，影响家庭和睦，甚至患上忧郁症。二、导致男性不育，支原体感染危害巨大，支原体感染引起其他泌尿系统疾病，可能会导致男性不孕症。三、与其他泌尿系统疾病混合感染，支原体感染常常与其他性传播疾病，包括淋病、非淋菌性尿道炎、梅毒、尖锐湿疣等混合感染。四、造成严重的并发症，支原体感染可以引起播散性支原体感染、支原体感染性脑膜炎、前列腺炎、脊髓神经根疾病等并发症。五、增加患艾滋病的危险性，在艾滋病流行地区，支原体感染还为艾滋病病毒进入人体提供通道和便利条件，从而增加患艾滋病的危险性。