肛门坠胀的成因复杂，且有许多不确定的致病因素，其可以单独存在，也可伴发于其他疾病。常见的疾病有内痔脱垂、直肠黏膜脱垂、直肠肛管的息肉，还有结肠炎、直肠炎、肛隐窝炎、肛乳头炎，均可因炎症刺激齿状腺区产生肛门坠胀。急性细菌性前列腺炎也可出现会阴部及肛门坠胀。肛管直肠异物可引起直肠黏膜出血溃烂，排便不畅，亦可产生肛门坠胀。自主神经功能紊乱，也可引起肛门坠胀，称为肛门坠胀症，属于肛门直肠神经官能症。