双侧基底节区腔隙性脑梗塞首先要积极治疗患者的基础疾病，比如血压高的患者，要长期口服降压药控制血压，糖尿病的患者要长期口服二甲双胍等降糖药物，高血脂的患者，要长期口服他汀类的降脂药，改善血液粘稠度，稳定斑块，在此基础之上，可以长期口服一些抗血小板凝集药物，比如阿司匹林、氯吡格雷。还可以口服活血化瘀通络中药，比如丹参，红花，三七