患者眼睛刺痛、有异物感的处理，主要取决于其致病原因，并予以对症的治疗，具体如下：1、细菌感染：细菌感染导致的细菌性结膜炎或角膜炎，患者有眼睛刺痛、异物感，需要选择抗生素的眼药水，常用的眼药水包括左氧氟沙星滴眼液、妥布霉素滴眼液、氧氟沙星眼膏等；2、病毒感染：病毒性结膜炎或角膜炎所导致的眼睛刺痛、异物感，需要选择抗病毒的眼药水及眼膏，例如干扰素眼药水、阿昔洛韦滴眼液、更昔洛韦眼膏等；3、真菌感染：真菌性角膜炎所引起的眼睛刺痛、异物感，需要点抗真菌类眼药水，例如那特霉素眼药水等；4、异物因素：对于角膜或结膜异物所导致的眼睛刺痛伴异物感，需要挑出异物，同时配合使用抗感染的眼药水以及角膜上皮恢复的眼药水。