蛋白虫是一种单细胞原生动物，它们生活在淡水和海水中，通常栖息在水底沉积物中。蛋白虫对环境的适应性很强，但也有一些环境因素会对它们产生不利影响。

蛋白虫最怕的环境因素包括以下几个方面：

1．高温：蛋白虫是一种冷水生物，它们生活在水温较低的环境中。当水温升高时，蛋白虫的代谢和生长都会受到影响，甚至可能导致死亡。

2．酸碱度：蛋白虫对环境的酸碱度比较敏感，过高或过低的酸碱度都会对它们产生不良影响。一般来说，蛋白虫最适宜的酸碱度范围为pH 6.5-8.5。

3．水质污染：蛋白虫生活的水域如果受到污染，如有机物、重金属、化学物质等，就会对它们的生存和繁殖产生负面影响。因此，保持水域清洁和水质良好对蛋白虫的生存至关重要。

4．水流速度：蛋白虫生活的水域水流速度适宜为0.05-0.2m/s，过强或过弱的水流都会影响它们的生存。

总之，蛋白虫最怕的环境是高温、酸碱度过高或过低、水质污染和水流速度过强或过弱。为保护蛋白虫和水生生物的生存环境，我们需要加强环境保护和水域管理，减少污染和人类活动对水域的影响。