疱疹性咽峡炎的治疗首选抗病毒药物。疱疹性咽峡炎大多是由柯萨奇病毒引起的。引起疱疹性咽峡炎的柯萨奇病毒种类很多，以柯萨奇A组病毒（1-6、8、10、22）最为常见，柯萨奇B组病毒较少，疱疹病毒、EB病毒、肠道病毒也可引起，不同的类型病毒都会引起疱疹性咽峡炎再次发生。当劳累过度、气温突变、身体受凉或某些物理、化学因素等刺激，使身体免疫能力低下时，容易患疱疹性咽峡炎。疱疹性咽峡炎是由柯萨奇病毒感染引起，所以治疗首选抗病毒药物，比如利巴韦林或奥司他韦等。如有细菌感染，可酌情选用抗菌药物，如青霉素类、头孢菌素类、大环内酯类等。对于单纯病毒感染者不应用抗菌药物。上述药物应在医生的指导下合理使用。